Avec la réforme des régions, les académies ne fusionneront pas au sein de ces nouvelles régions. Par contre, à partir du 1er janvier 2016, elles seront regroupées en 13 régions académiques.
Pour chacune de ces régions, un recteur de région a été désigné. Pour les régions où les limites n’ont pas été modifiées, il n’y aura aucun changement. Cela concerne les académies de Rennes, Nantes, Orléans-Tours et de Corse. Pour les nouvelles grandes régions, les recteurs de régions seront en poste à : Aix-Marseille, Besançon, Bordeaux, Caen, Lille, Lyon, Montpellier, Nancy-Metz et Paris.
Selon le Premier ministre, le recteur de région « disposera de pouvoirs propres qui garantiront l’unité et la cohérence de l’action de l’Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche dans les champs de compétence intéressant la région. Il sera l’interlocuteur unique du président du conseil régional et du préfet de région. Dans les neuf régions comprenant plusieurs académies, le recteur de région académique présidera un comité régional académique où siégeront les autres recteurs de la région. Cette instance permettra d’harmoniser les politiques publiques de l’Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche menées dans la région. »