Les DDEN sont regroupés en délégations – allant souvent de pair avec les Circonscriptions d’Inspections du 1er degré -, elles-mêmes réunies dans les Unions départementales élisant leur Conseil d’Administration ; ces Unions étant, à leur tour, regroupées au sein de la Fédération nationale des DDEN.
Chaque Union départementale, association régie par la loi de 1901, assure la liaison entre les délégations et l’ensemble des DDEN du département concerné, ainsi que les relations avec les autorités académiques et départementales.